DNA-teknik kan korta väntan på diagnos vid svåra infektioner

Genom den nya metoden som har utvärderats vid Universitetssjukhuset Örebro går det att upptäcka bakterier i blodet på timmar i stället för dagar.

– Vi har visat att det teoretiskt är möjligt att identifiera sjukdomsorsakande bakterier direkt från ett blodprov taget på akutmottagningen. Nu behöver vi fortsätta utveckla metoderna för att göra dem tillräckligt känsliga och tillförlitliga, förklarar David Nestor.

David Nestor, som nyligen disputerat vid Örebro universitet, arbetar som läkare under specialistutbildning, ST-läkare, inom Verksamhetsområde laboratoriemedicin.

Allvarliga infektioner drabbar hundratals i Örebro län varje år

Varje år drabbas omkring 900 personer i Örebro län av bakterieinfektioner som sprider sig till blodbanan. I värsta fall kan tillståndet utvecklas till sepsis, ett livshotande tillstånd där kroppens reaktion på infektionen leder till organsvikt.

– Vem som helst kan drabbas, men äldre och sköra personer löper större risk att bli allvarligt sjuka, berättar han.

Dagens diagnostik kan ta flera dagar

I dag påvisas bakterier i blodet genom odling. Cirka 40 milliliter blod från patienten placeras i en näringslösning där eventuella bakterier får växa till i ett värmeskåp. Metoden fungerar väl, men det kan ta från 12 timmar till tre dygn innan bakterierna identifieras och deras känslighet för antibiotika kan analyseras.

– Dessutom vet vi att träffsäkerheten påverkas av hur mycket blod som tas och om patienten redan har fått antibiotika, vilket kan hämma bakteriernas tillväxt.

Bakteriernas DNA kan avslöja infektionen på bara några timmar

Den nya forskningen bygger i stället på att identifiera bakteriernas DNA direkt från cirka 5 milliliter blod. Cellerna i provet bryts ner och allt frisläppt DNA analyseras med hjälp av avancerad DNA-sekvensering följt av olika databaserade analyser för att fiska ut det DNA som tillhör bakterier bland den stora mängden mänskligt DNA.

– Målet är att denna analys ska kunna ge svar inom några timmar. Den stora utmaningen är att mängden bakterie-DNA ofta är mycket liten jämfört med mängden mänskligt DNA. Det gör det tekniskt mycket krävande och mer forskning behövs.

Viktigt steg mot framtidens diagnostik

Även om tekniken fortfarande är dyr och experimentell har kostnaderna för DNA-sekvensering minskat kraftigt under de senaste åren. Resultaten pekar på en särskilt stor potential för de allra svårast sjuka patienterna eller hos patienter med hög misstanke om infektion där ingen sjukdomsorsak påvisats med standardmetoder.

Nästa steg blir att utveckla metoden så att man stabilt kan påvisa små mängder bakterie-DNA från patientproverna.

Exklusivt patientmaterial i forskningen

En förutsättning för att studierna har kunnat utföras har varit ett omfattande patientmaterial. Prover har analyserats från cirka 500 patienter i Region Örebro län som sökt vård med misstanke om bakterier i blodet mellan åren 2014–2016 och som gett sitt godkännande att vara med i studien. Utöver den vanliga diagnostiken lämnade patienterna extra blodprover som kunde användas i forskningen.

– Vår forskning bygger på ett nära samarbete mellan akutmottagningen, infektionskliniken och Verksamhetsområde laboratoriemedicin i Örebro. Arbetet har även genomförts tillsammans med forskningslaboratorier i Tyskland och Nederländerna som bidragit med metoder för analys av DNA-sekvenserna, avslutar David Nestor.